alert приостанавливает выполнение кода
var time = new Date();
alert('Подожди пару секунд и нажми ок.');
alert('Ты думал ' + (new Date - time) / 1000 + 'сек')
Соответствен но, что-то где-то у вас происходит слишком быстро и не дожидается загрузки файла.