[monolithed]

Не работает . Не видит php код(не распазнает закрывающийся тег php кода).

Перед тем как писать код, я его не проверял, но сейчас проверил и могу сказать, что он работает. Видимо вы забыли подключить jQuery!

Так вставьте

<?php
$str = 100;
echo <<< END
<script src="http://code.jquery.com/jquery.min.js" type="text/javascript"></script>
<script type='text/javascript'>
    var q = $str;
    $(function(){
        $('#box').click(function(){
            document.write(q);
        });
    });
</script>
<div id="box">click</div>
END;
?>