Да, в скрипте php есть текст <script>test();</script>. И он не запускается во время исполнения скрипта php. Хотя простой пример test.php, где выводится одна строчка:
echo '<script>alert("hello");</script>';
работает нормально, и срабатывает окошко алерт при открывании страницы test.php. Может ли это быть связанно с тем, что какой-то код dom-модели не подгрузился или ещё что-нибудь?