Kolridg,
нужно показывать gif-анимацию, пока грузится файл. По сути дела, пока страница не перезагрузится.

Kolyaj,
да, я читал о таком поведении IE
заменил

<li><a onclick="beforeUpload();" href="#"  >Загрузка</a></li>

на

<li><span onClick="beforeUpload();"  >Загрузка</span></li>

- никакого эффекта.