Я сам делал такое но понял что все давно изобретено, используй плагин jQuery, одной строкой сможешь делать анимацию прозрачности
найди в инете данный скрипт, скачай, прикрепи в хэде
<script type="text/javascript" src="js/jquery-1.4.2.min.js"></script>
$("#element_id").animate({opacity: 0}, 400, function(){
// здесь функция по завершению анимации если надо
});
данное значит элемент с таким то айди плавно исчезнет (прозрачность перейдет в ноль) со скоростью 400
$("#element_id").animate({opacity: 1}, 1000, function(){
// здесь функция по завершению анимации если надо
});
данное значит элемент с таким то айди плавно появиться (прозрачность перейдет в 1) со скоростью 1000