if (myCheckBox.checked){
var newWin = window.open( "часы.html",'new',"width=750,height=400,toolbar=7")
помоему правильнее так
if (myCheckBox.checked==true){
newWin = window.open( "часы.html",'new',"width=750,height=400,toolbar=7")
убери
var
изза нее не работет
при втором входе в функцию объекта не существует если писать var
window.close(); тоже тут лишнее