[bushstas]

$("a.ajax-close").click(function(){ 
       $("#ajax").fadeTo(1000, 0);
   }); 
 $("a.ajax-close2").click(function(){ 
       $("#ajax2").fadeTo(1000, 0);
   });

так наверное
сложно сказать когда не видишь что там за окна )))

тогда по логике добавить в функцию

$("a.ajax-links").click(function(e){

вот это

$("#ajax").fadeTo(1000, 1);

иначе потом они не будут появляться так как они прозрачные