>в конце страницы всё работает прекрасно
Очевидно, что вы запрашиваете высоту на тот момент, когда страница ещё не загружена.
window.onload=function(){
height=(document.body.scrollHeight > document.body.offsetHeight)?document.body.scrollHeight:document.body.offsetHeight;
//bla-bla
}