Тебе нужно из модального окна вернуть значения в основное а потом присваивать глобальному массиву!
Это из модального
window.returnValue = [Значение 1,Значение 2,и тд];

а это принимаешь в основном

res = window.showModalDialog("modal1.html", ["1", "2", "7"], prop);
if(res!=null){
alert(res[0]+" "+res[1]+" "+res[2]);
}