[Amphiluke]

Сделайте, например, флаг notesOff свойством функции-обработчика. Тогда он будет сохраняться от вызова к вызову.

$(document).ready(function () {
    $("body").append('<div id="notesBlock"></div>');
    $(document).click(function () {
        $('#notesBlock').append('<div class="note error">error</div>');
        $('#notesBlock .note:last').slideDown(150);
        if (arguments.callee.notesOff) clearTimeout(arguments.callee.notesOff);
        arguments.callee.notesOff = setTimeout(function () {
            $('#notesBlock .note').remove();
        }, 4000);
    });
});