Это потому что локально у меня не работало: 
getURL("#myAnchor","_parent");
На сервере проверил - работает. 
И еще потому что я не понимаю как прописать тип окна...
Я исправил js на 
function openNewWindow(URLtoOpen) 
 destination = $(URLtoOpen).offset().top;
$("html:not(:animated),body:not(:animated)").animate({ scrollTop: destination}, 1700 );
 }
В флеше пытался так: 
getURL("javascript:openNewWindow('#myAnchor');");
и так: 
getURL("javascript:openNewWindow('#myAnchor');","_parent");
Не работает 
