[Amphiluke]

Не понятно. У вас этот код вызывается из фрейма? А прокрутить вы ходите родительское окно?

function openNewWindow(URLtoOpen) {
	var doc = self.top.document;
	destination = $(URLtoOpen, doc).offset().top;
	$("html:not(:animated),body:not(:animated)", doc).animate({ scrollTop: destination}, 1700 );
}

Ну и дальше

getURL("javascript:openNewWindow('#myAnchor')");