они ссылаются на один и тот же объект, но доступ к этому объекту ты можешь гарантированно получить только через конструктор. А [[prototype]] - это некое свойство, обозначающее ссылку на прототип из самого объекта. Например, у ff оно называется __proto__, у других браузеров такого нету
if( {}.__proto__)
alert( {}.__proto__ === Object.prototype )
[[...]] - это детали реализации, которые не обязывают производителей браузеров расшаривать это авторам; может даже пример реализации: в браузере эти моменты могут быть реализованы по-другому
UPD уже только у ie нету __proto__