dmitriymar, Спасибо!
Я более менее выравнил по центру. Во всяком случае открывается в одном и том же месте.
Вместо этой строки
document.getElementById("commentDialog").style.top = fetch_object_postop(obj) + 25 + "px";
Вписал эту
document.getElementById("commentDialog").style.top = document.body.clientHeight / 2 - 152 + "px";