В чем необходимость именно 4-х массивов - непонятно. Гораздо проще использовать пары ключ-значение и сортировать по ключу. Т.е.
var arr = [{key: 1, value: [1,2,3,4]}, {key: 3, value: [3,5,1,0]}, {key: 0, value: [0,0,7,7]}];
arr.sort(function(a, b){return a.key - b.key});
alert( JSON.stringify(arr) )
P.S. Вы говорите, что ar2 нужно отсортировать по убыванию, а в следующем примере он отсортирован по возрастанию.