Из JS отправляете
AJAX запрос на сервер (можно просто запросить php файл - он будет выполнен веб-сервером), а дальше на сервере вступает в дело серверный скрипт, который и читать, и записывать файлы
умеет. Получаете в скрипте переданные параметры и записываете их в файл.