Значит, к сожалению, мой вопрос остаётся октрытым.
Если ни один из приведённых выше вариантов не расширяет прототип Object или других, то расширяю где-то ещё.
Существует какой-то мало-мальски универсальный способ найти, где я расширил стандартный объект? Что мне вообще нужно искать? Что-то вроде
var a =new Array();
a.prototype.func = myFunc;
?