посмотрел JS файл просмотрщика фоток
там есть функция
showHideElements : function (tagName, visibility) {
...
}
я так понимаю она отвечает за прятание элемента в котором расположен флеш (как я понял там iframe)
if (hs.hideIframes) this.showHideElements('IFRAME', visibility);
а это строка которая вызывает прятание iframe
видимо чтото там не работает для ие (точнее visibility:hidden не прячет флеш)
возможно display бы помог )))
код там конечно будь здоров не любительский но добавить условие можно
что если скрываемый элемент iframe то создать на его место пустой элемент (чтобы контент не ерзал) а у iframe изменить свойство display на none