<script type="text/javascript" src = "custom.js"></script>
custom.js
window.onload = function(){
var all = "./all.js";
var ie = "./ie.js";
var isIE = false//@cc_on || true
var script = document.createElement("SCRIPT");
script.type = "text/javascript";
script.src = isIE ? ie : all;
document.body.appendChild(script);
}
all.js
alert("Основной скрипт для всех браузеров");
ie.js
alert("Измененный скрипт, специально для IE");
Ну вот, например, в зависимости от того какой браузер (ИЕ или остальные), подключается нужный файл