Объем оперативки
не "пухнет" ни в том, ни в другом случае. Разница в том, что если использовать prototype, что метод copy будет у всех массивов, а если copy будет методом объекта Array, то и использовать его можно только как Array.copy. Т.е.
Array.copy1 = function(){};
Array.prototype.copy2 = function(){};
var array = [];
alert(array.copy1); // undefined
alert(Array.copy1); // copy1
alert(array.copy2); // copy2