Если я правильно понял то у тебя в одномерном массиве, ассоциативный.
В таком случает надо так.
allChecked[acl] = {'checkbox-value':cValue, 'checkbox-title':cTitle};
Т.к. в JS нет ассоциативных массивов, из заменяют объекты.
А алерт все правильно тебе выводит и будет выводить тоже самое после изменения.
alert(allChecked[0]['checkbox-value']);
так должен выводить значение