[рони]

setTimeout('$("#div").html(i)',1000);

Строка '$("#div").html(i)' строка будет выполнена в глобальной области видимости;
а переменная i локальная, лучше использовать анонимную функцию а не строку

setTimeout(function () { $("#div").html(i);},1000);

но и так скрипт нормально не заработает ... но ошибок не будет
Рабочий вариант

$(function(){
var i=5;
function foo() {
 $("#div").html(i);
 i-- && setTimeout(function (){foo()},1000);
    };
foo();
})