[simple]

что значит пустая строка? то есть во всех ячейках строки ничего нет?

Да,строка или полная или пустая, отдельно пустых или заполненных ячеек в ней не должно быть, значит достаточно проверить по одной ячейки в строке, вот я как сделал, просто добавил еще один IF:

var selTR=null;
function onClickTR (tr)
{
  if(!tr.cells[1].innerText)// Проверка на пустоту ячейки
  {
   exit;
  }
   if (selTR)
   {
    selTR.style.backgroundColor = selTR.prevBackgroundColor;
   }
 selTR = tr;
 selTR.prevBackgroundColor = selTR.style.backgroundColor;
 selTR.style.backgroundColor ='#FFE4C4';
}

Работает.