Взаимодействие Модулей
 

Водная :)
Есть два модуля M1 и M2.
Хочу вызвать функцию F1 в контроллере C1 в модуле M1 из модуля M2,
как такое провернуть в angular'е?

Контроллеры не для этого предназначены. Общая функциональность должна быть отделена в отдельном сервисе, а не контроллере. Затем это сервис внедряется в каждый контроллер, в котором нужна его функциональность.
Конкретно о вашей проблеме:
1. В М1 создайте factory в которую поместите вашу F1
2. При создании контроллеров внедряйте туда вашу factory и вызывайте вашу функцию.