Как задать нужное значение opacity?
 

Есть некая картинка, у которой значение opacity изменяется по скрипту:
$(document).ready(function() {
function time1(){
$("#iroglif").stop().animate({"opacity":1, "top":"32%"},1400);
$("#taifun").stop().animate({"opacity":.4},2500)
setTimeout(time1,timekol);
}
setTimeout(time1,timekol);
});
Но почему-то значение не доходит до нужного и находится примерно (постоянно изменяется) на значении: 0.40000000550690556;

У метода animate() есть последний параметр "вызов"
http://jquery-docs.ru/Effects/animat...easingcallback

В той функции просто вызови метод css() с нужным значением opacity...

Проблема в том, что мне нужно, чтобы это происходило плавно.

setTimeout(time1,timekol) наверно слишком часто вызывает функцию time1

Так оно и будет плавно... Просто по окончании "плавности" установится точно. :D