<script>  
// Проверим, есть ли запись в куках о посещении посетителя
// Если запись есть - ничего не делаем
if (!$.cookie('wasVisit')) {

  // Покажем всплывающее окно
  $('.класс_вашего_элемента').css('display', 'block');

}

// Запомним в куках, что посетитель к нам уже заходил
$.cookie('wasVisit', true, {
  expires: 365,  // Сколько хранить дней
  path: '/'
});
</script>

if (!localStorage.visited) {
    // первое посещение
    localStorage.visited = true;
}