Проблему решил видоизменив скрипт кнопки "Наверх", может кому пригодится:
<script src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.6.1/jquery.min.js"></script>
<script>
$(document).ready(function(){
$(window).scroll(function () {
if ($(this).scrollTop() > 125) {
$('#menu-none').fadeIn();
} else {
$('#menu-none').fadeOut();
}
});
});
</script>
Где 125 - то количество пикселей, после которых должен появляться блок
#menu-none{
/* здесь ваши стили */
display: none;
}