А это куда смотреть?
Тоже по части взаимодействия php и js. Раз в минуту ищем с помощью php-запроса строку в mysq. Если она найдена, то перегружаем страницу.

Так если скрипт подгружаю напрямую через php include, все работает.

Селянин, тут не твои родители тусуются учить тебя азам. Нет таких запросов. Вот и "подгружай" с include.

Что тогда у вас за скрипт такой, который в базе ищет одну строку или что за запрос такой, если при этом имеем "тяжелый" php-скрипт?

Это были 2 отдельные задачи. Задача с запросом оказалось легко решается с помощью функции $.get. Второй вопрос сложнее.