Хз, где они там прописаны. Вот для тех кому интересно как переопределить базовые скрипты в джумле, прописав это в индексе шаблона

<?php
$doc = JFactory::getDocument();
$scr = '/media/jui/js/jquery.min.js';
$repl_scr = '//ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.2.4/jquery.min.js';
$key = array_keys($doc->_scripts);
$value = array_values($doc->_scripts);
$key = str_replace($scr, $repl_scr, $key);
$doc->_scripts = array_combine($key, $value);
?>

То есть он заменил исходный jquery.min.js. Стал на его место. Но что в итоге, не х.. НЕ ЗАРАБОТАЛ. И в самой джумле если что с коробки подключен миграт, на 3 подключена версия 1.4.1, что вроде последняя.

Вообщем тупик становиться уже(

Точно не помню, но до версии 2.0, фай миграции имеет версию 1.2, вроде бы так.
Если все нужные файлы подключены, но не работает, то уже нужно смотреть логи в отладчике браузера.

Опа, щяс проверю и переопределю

Не не пашет. Логи пишут вот что, в меню у меня подключается еще и библеотека 2.1.1. То есть конфилкта с джумловским скриптом нет, а с меню есть

походу придется меня другое искать