проблема возможна скорее всего, что у меня есть еще обработчик на click(), и скорее всего там срабатывает return

При двойном клике два раза вызовутся события click и потом dblclick.
Просто return в обработчике другого события ничего не изменит.

В консоле все равно будет имя файла и номер строки

наверное, у меня сильно в коде большая вложенность, в функции есть обработчик в обработчике onclick(), не отображаются даже в консоли сведения об явных ошибках

console может не работать только, если она переопределена или до этой строки программа просто не доходит. Вложенность тут ни при чем. При большой вложенности просто возникает ошибка переполнения стека и она выводится в консоль.
Не видя кода больше сказать ничего нельзя.
Не срабатывает консоль - используйте отладчик, пошагово проходите код.

в том то и дело, что программа доходит и идет дальше, если я сазу же за console.log ставлю alert, то он почему-то срабатывает. Код довольно большой, только если на github выложить

Поставить на строке с console.log точку останова и в отладчике смотреть, не переопределилась ли где console

Спасибо Вам за совет, если честно никогда так с отладчиком не работал, теперь понимаю, что хороший инструмент, как я понимаю, куда-то делось свойство console.log, буду искать пробовать.

подскажите в каком направлении двигаться в этом отладчике

console в window находится дальше. Почти в самом конце