Отдача данных на сервер при помощи new Image()
 

function getnum(x1,x2,t1,y1,y2)
{
 for (var i in t1)
 {
  if (!t1.hasOwnProperty(i))
   continue;
  result.push(x1[i]+"-"+y1[i]+"-"+x2[i]+"-"+y2[i]+"-"+t1[i])
 }
 var b=new Image();
//если сюда добавить alert(), то в $_GET передается значения массива result каждые 3 секунды (не считая времени отображения алерта), иначе только при запуске скрипта
 b.src="http://example.com/?result="+result;
 setTimeout("getnum(x1,x2,t1,y1,y2);",3000);
}

как сделать, чтобы каждые 3 секунды в любом случае срабатывало? :)

Данные меняются? Если нет, то кэшируется просто.

Меняются

Переменные x1, x2, ... глобальные? Если да, то зачем тогда передаются?

в каких браузерах?
какие заголовки выдает сервер (связанные с кэшированием)?
p.s. но, конечно, отмена кэша с помощью alert настораживает (настораживает, что при этом кэш перестает использоваться)