Это и так понятно, просто у меня окна открываются мотодом window.links [i].click (). Жалко, что нет, их надо как-то потом закрывать...

Ну в функции click() судя по всему и происходит открытие окна. Созраняйте там в массив, например win[i] ссылку на открытое окно, и соответственно закрыть будет тоже легко, win[i].close();

Я так уже хотел сделать.

var win=document.links [0].click ();
//...
win.close ();

Окно открывает, но выдаёт ошибку в последней строке: "win - есть null или не является объектом"...

потому что win в вашем случае - это ссылка на document.links [0].click ();
если бы метод click(); возвращал ссылку на объект window, то тогда бы сработало. А так не известно что он возвращает (это нужно Вам уже смотреть), поэтому и ошибка.