проблема с innerHTML
 

var str = document.body.innerHTML;
var str=str.replace(/qlt_mail_b.png/g,"qlt_mail.png");
 var str=str.replace(/qlt_man_b.png/g,"qlt_man.png");
 document.body.innerHTML = str;

скрипт свою задачу выполняет,но после этого перестают работать кнопки форм.Как этого избежать?

когда Вы пишите
document.body.innerHTML = str;
то обработчики событий определенные ранее перестают работать
лучше пользоваться
document.body.appendChild
и insertBefore
или переопределять обработчики

не могли бы Вы написать пример как это сделать?

А что Вы там вырезаете?Приведите html код если небольшой-подумаем каким образом лучше сделать

я пишу userjs и хочу заменить иконки и некоторые слова

иконки-нужно искать теги img
var imgs=document.getElementsByTagName('img');
for(var i=0;i<imgs.length;i++){//здесь находим и заменяем
};
и заменять в них src
слова тоже по другому

с иконками понятно,а слова как?

ищете тот самый внутренний тег где они расположены и заменяете
например
<div>yahoo<span>apple</span></div>
чтобы заменить apple на google ищете этот span
и пишите
span.innerHTML='google';
тогда вы ничего не нарушите и события будут работать
еще корректнее найти на body все node с nodeType==3 то есть текстовые ноды и заменять их