Вариантов несколько.
Один - это добавить области, которая принимает (dropTarget) - события onmousemove/over/out и отслеживать мышу. При этом указатель мыши может быть НАД перемещаемым объектом.
Другой - отслеживать события эти глобально для документа или для большого объекта, и выбирать область по event.target. При этом указатель мыши должен быть РЯДОМ с перемещаемым объектом, чтобы объект его не закрывал. Если такое возможно, то этот способ лучший.
Вообще, я много работал над Drag'n'drop в dojo, но уже забыл что там и как... Помню - координаты кешируются dropTarget и по ним определяется над какой именно dropTarget мы сейчас..
В dojo там dojo.dnd.DragManager..
P.S Вот еще что тебе нашел
http://snook.ca/archives/javascript/...the_droppable/