Дождаться ответа пользователя
 

Знаю, что тема стара как мир, но мне нужно дождаться ответа пользователя и "продолжить" выполнение функции. Может есть какие-нибудь решения без confirm (это работает, но мне необходимо показать пользователю форматированное сообщение) и setTimeout?

Ситуация такая:
есть платформа(sharepoint), которая предоставляет возможность написать функцию валидации данных SaveAction(). В этой функции я вызываю модальный диалог с вопросом "Сохранить?". Получаю ответ в колбеке и принимаю решение.

Функция SaveAction (название и атрибуты переопределить нельзя) дожидается ответа, только если мы используем confirm, что логично.
Как этого добиться в модальном диалоге?
Платформа Sharepoint ждет возврата true/false от этой функции, изменить это поведение невозможно.

function SaveAction(){
   ...
   var options = {
      callback: MyCallback
   }
   showModalDialog(options);
}

Ну какой признак завершения ввода ?
Нажатие еnter ? , ввод единственного символа(или заранее определенных слов) ? нажатие на кнопку "Сохранить" ?

Никак. JS однопоточный, и этим все сказано.

1. Тупой бесконечный цикл проверяющий наличие ответа
2. Кто мешает изменить логику, и запускать SaveAction() по завершении диалога модалки ?

Смотри мой комментарий выше, об однопоточности JS (причем один поток с ui).

Никто. Разве что имеются для этого условия. Вот только это не ответ на прямо поставленный вопрос:

<input id="modal"   placeholder='Жду ввода "Yes"'>
<script type="text/javascript">

function showModalDialog(options){
var inp = document.getElementById('modal');
alert('Start Modal')
  while (inp.value != 'Yes') {
     var out=false;
  }
  return out=true;

}
var MyCallback = 1
function SaveAction(){
   //...
   var options = {}
   if( showModalDialog(options))alert('Диалог завершен!')
}
SaveAction()
</script>

Благодарю за наглядную демонстрацию моего комментария ;)

danik.js,
Можно реализовать и многопоточность
Поставь перед циклом нужное число setTimeout
Короче коммент никчемный, ибо речь идёт в конце концов о возможности решении, а не безапеляционном ничего не дающем заявлении

:D
Я лишь дал знать, что невозможно заменить строчку
if (confirm()) {} на if (myConfirm()) {}

confirm это модальный диалог, а ваш хтмль никакого отношения к диалоговым окнам не имеет, потому что не окно, а просто кусок хтмл.

Что касается бывших методов совмещения то за злоупотребления очевидно их забанили:

Такая тема уже была, когда некий профессор заявил что на вебе ничего мониторить не надо. Не бывает типа тут 1 раз в секунду опрос кнопки.

Как видите бывает. Делается на самом деле элементарно через setInterval()