Браузер на твоем компе, как программа, там же где и файлы. После загрузки файла на сервер, наступает зависимость от платформы и скриптов. На PHP файл падает во временную папку. Если ты с ним ничего не сделаешь, он удалится позже (наверно вместе с сессией, или хз, тебя это не должно волновать). Иначе просто берешь этот файл, его имя известно из $_FILE и делаешь с ним что требуется. Есть специальная функция, которая перемещает файл из темпа в куда надо. Короче иди кури ману по своей платформе.