И получили уродство, которое парень преподу ни в жизнь не объяснит.

Я понимаю, вы из тех, кто кричит "ФИЧА!!!1111", уважает "серьёзных индусовпрограммистов из Гугла" и всё такое. Но это поведение - баг. Вызов alert так или иначе должен вызывать перерисовку перед появлением окошка. Да, alert по определению блокирует исполнение скрипта, но скрипт предшествующий появлению alert, точно также по определению, должен завершить свою работу. И если работой скрипта является смена цвета, alert не имеет права этому препятствовать. И никто меня в этом не переубедит.