особенности вывода

Вообще innerHTML+= - моветон. Страница каждый раз перерисовывается. Забивайте всё, что надо добавить, в переменную, а уже её добавляйте в innerHTML. А ещё лучше - используйте appendChild() .

Это не решение проблемы - это оптимизация, но возможно в процессе оптимизации проблема отпадёт.))

это как?

/ /

Зашел на сайт http://de.ifmo.ru/
в консоли ввел document.getElementById("d_s_m_menu")
результат null
:blink:

это меню есть только в приватной части сайта, регистрация невозможна(

так работает:

var dv = document.createElement('div');
dv.id = "d_s_m_menu";
document.body.appendChild( dv );

document.getElementById("d_s_m_menu").innerHTML +=  "<a href=\"https://de.ifmo.ru/servlet/distributedCDE?Rule=eRegister\">Электронный журнал</a><br/>";
document.getElementById("d_s_m_menu").innerHTML +=  "<a id=\"protocolOfChanges\" href=\"#\">Протокол изменений</a><br/>";
document.getElementById("protocolOfChanges").addEventListener('click',getProtocol, false);

И все нормально вызывается.
А "d_s_m_menu" это что за элемент?

td