За эти значения отвечает переменная $grid-row-numberer-cell-padding. Не знаю, почему она не задокументирована, скорее всего просто забыли.
Правильный способ это поменять значение переменной в SASS. Совсем правильно было бы создать новую тему и задавать переменные в ней, но ради одной переменной можно и по-быстрому: создайте файл ${app.dir}/sass/var/Application.scss и добавьте в него строку:
$grid-row-numberer-cell-padding: <x>;
Имейте в виду, что переменная глобальная и padding изменится для всех таблиц с нумератором в вашем приложении. Если вам нужно изменить только одну таблицу, то к сожалению без хаков не обойтись. Нужно будет создать CSS правило с более высокой специфичностью, чем у стандартного. Для этого дайте нужному экземпляру Grid уникальный CSS класс и используйте его для правила:
JavaScript:
new Ext.grid.Panel({
cls: 'my-specific-grid',
...
});
CSS:
.my-specific-grid .x-grid-cell-inner-row-numberer {
padding: <x>;
}