Почему модели по старому стилю загружаем?
 

Кстати, а почему мы сторе по новому загружаем:

store: {
    type: "store-alias"
}

...а модели по старинке, то есть по имени класса?

Вы путаете загрузку класса и создание экземпляра (объекта) данного класса. Создать объект можно разными способами, в т.ч. по alias; загрузить можно только по имени. Для того, чтобы создать, нужно сперва загрузить.

то есть тут

stores: {
		testStore: {
			model: "test.Test",
			autoLoad: true
		}
	}

внутри хранилища создается лишь ссылка на класс, чтобы потом экземпляры стряпать на внутренней фабрике. Так?
А там на месте создается по алиасу само хранилище

Я эту часть кода глубоко не копал, поэтому точный ответ дать не могу. Скорее всего разрешение имени класса происходит при попытке создать экземпляр модели во время загрузки, это дёшево и полезно для тестирования.

До момента создания экземпляра хранилища вся конфигурация это просто свойства объектов.