Вы путаете загрузку класса и создание экземпляра (объекта) данного класса. Создать объект можно разными способами, в т.ч. по alias; загрузить можно только по имени. Для того, чтобы создать, нужно сперва загрузить.
внутри хранилища создается лишь ссылка на класс, чтобы потом экземпляры стряпать на внутренней фабрике. Так?
А там на месте создается по алиасу само хранилище
Я эту часть кода глубоко не копал, поэтому точный ответ дать не могу. Скорее всего разрешение имени класса происходит при попытке создать экземпляр модели во время загрузки, это дёшево и полезно для тестирования.
До момента создания экземпляра хранилища вся конфигурация это просто свойства объектов.