В IE-то нормально оффлайн работает?

Нет, нигде оффлайн нормально не работает. Если бы в IE работал было бы ок

тут я наверное бессилен, могу предложить только докачать .xsl .xml -файлы, указанные в начале navi.js и расположить их соответствующим образом, относительно этого скрипта.
тогда может быть в IE и заработает

Они все полностью скачаны, структура воссоздана полностью.

а как решено с http://www.w3.org/TR/WD-xsl
файл по этому адресу также должен быть скачан, адрес соответственно заменён на относительный

не совсем понял что именно нужно скачать и куда положить

Собственно в ссылке, которую я приводил, можно посмотреть что уже скачано

имеется в виду второй адрес в каждой строчке

styleMain = xmlLoad("../misc/hinomain.xsl","xmlns:xsl='http://www.w3.org/TR/WD-xsl'");
styleTOC1 = xmlLoad("../misc/hinoTOC1.xsl","xmlns:xsl='http://www.w3.org/TR/WD-xsl'");
styleTOCsc = xmlLoad("../misc/hinoTOCsc.xsl","xmlns:xsl='http://www.w3.org/TR/WD-xsl'");
styleTOCtop = xmlLoad("../misc/hinoTOCtop.xsl","xmlns:xsl='http://www.w3.org/TR/WD-xsl'");
styleTOCunit = xmlLoad("../misc/hinoTOCunit.xsl","xmlns:xsl='http://www.w3.org/TR/WD-xsl'");
styleTOCtopunit = xmlLoad("../misc/hinoTOCtopunit.xsl","xmlns:xsl='http://www.w3.org/TR/WD-xsl'");
styleTOCscunit = xmlLoad("../misc/hinoTOCscunit.xsl","xmlns:xsl='http://www.w3.org/TR/WD-xsl'");
sourceTOC = xmlLoad("../xml_sie/_hinoEkousei.xml");

Я честно говоря не совсем понимаю что это. Это ссылки на совершенно независимый сайт какой-то. По данным адресам файлов как таковых нет. Что это? Какая-то система преобразования xml файлов?

сам особо не шарю, можно почитать
http://ru.wikipedia.org/wiki/XSL
http://htmlbook.ru/html/html/xmlns
и другое с этими ключевыми словами
идёт преобразование документов в нужные, в xmlns задаётся пространство имён

приведённое взято из navi.js, относительно его расположения и располагать
пути относительные добавляете текущее расположение скрипта на сайте и этот остаток с учётом выхода на уровень вверх (..) - выходите на сам файл