Знаете, это все на самом деле проще: если вы кликаете по чебоксу, вы все равно кликаете по строке. Вот такой обработчик поставьте, и бог с ними, с id совсем:

$('.trTheme').click(function() {
       $(this).toggleClass('temp');
       if ($(this).hasClass('temp'))
        $(this).find('.cbTheme').attr('checked', 'checked');
       else
        $(this).find('.cbTheme').removeAttr('checked');
    });

Спасибо, это верно.
А напишите, как на будующее лучше передавать этот id. Использовать нестандартные атрибуты или добавлять к id какой-то префикс и затем в событии его обрезать?

Ну, если id вам нужен, то лучше префикс. По id быстрее работает, чем по атрибутам.