Плавное исчезновение
 

$("form").submit(function() {
$("#Warning_Msg_Reg").css("visibility","visible"). fadeOut(3000);
});
скажите что не так.
display:none; не могу использовать, т.к. элемент должен быть на странице не видимым ,а не просто не существовать.
У меня как-то быстро исчезает

к чему тут fadeOut(3000)?

делайте анимацией opacity от 0 к 1 и обратно.

может быть,

$("#Warning_Msg_Reg").css("visibility","visible").fadeTo(3000, 0.1, function(){
     $(this).css("visibility", "hidden");
});