количество блоков от высоты окна
 

Задача такая: есть например отступ от верха 500px, он фиксированный, а вот в оставшуюся высоту нужно поместить то количество блоков которое влезет, причём высота у них может быть разная. Т.е нам нужно вычислить оставшуюся высоту окна, вычислить высоту каждого блока, проверит влазит ли он, если да, то ему display:block, далее также со вторым блоком итп.
Как такое можно реализовать, на jquery например?

Это не две строчки кода и вы должны это понимать задавая такие облачные вопросы.

segajb,

У jQuery есть методы, которые работают с шириной/высотой элемента:

$(element).width();
$(element).height();

Чтобы получить высоту/ширину окна:

$(window).width();
$(window).height();

Дальше простые действия по расчету. :)

К тому же пользователь может поменять высоту окна

Имхо, это делается вёрсткой.