Дублируются куки
 

Почему у меня на сайте на урл каждого уровня создается своя кука. На пример из фаербага:
/~oleg/tde/ru/catalog/face/krem/ кука содержит 1-это не правильно,

а на урле /~oleg/tde/ru/ стоит 0, то есть старое значение которое на первом урле должно быть тоже 0.
Надеюсь понятно объяснил.

Понятно вроде, но.... с куками, конечно, можно работать средствами js, но это скорее частный случай. Впрочем, это не важно. Важно, что Вам нужно показаться где и как Вы навешиваете куки. Если мы не знаем где и как Вы вешаете куки, то говорить не о чем.

Кстати, посмотрите функцию setcookie. Там есть четвертый параметр - path - это тоже немаловажно.

$('#series').click(function(){
			var showseries = 1;
			$.cookie("vis", showseries, { expires: 365,path: '/' });
		});
		$('#category').click(function(){
			var showseries = 0;
			$.cookie("vis", showseries, { expires: 365,path: '/' });
		});
		
	   if($.cookie("vis")){
		   if($.cookie("vis")==1){
			   $('#series').click();
		   }
		   else{
			   $('#category').click();
		   }
	   }

С php куками работать в конкретно этом месте не могу в силу ряда переплетения разный технологий. Поэтому надо через Jquery

1.
Вы же знаете, что после того, как кука устанавливается она принимает своё значение только при вызове _следующей_ страницы?
2.
Очень сомнительный момент с событием click. Если это нажатие на HTML гиперссылку, то, не исключено, что переход на следующую страницу выполняется раньше, чем выполняется JS сценарий т.к. вероятно $.cookie навешиваются асинхронно.