Затухание блока
 

имеется довольно стандартная связка

<div id="NeedCert" style="position:absolute;top:10px;line-height:95%;right:10px;"></div>

и

<script>  
    function show_NeedCert()  
    {  
        $.ajax({  
            url: "NeedCert.php",  
            cache: false,
            success: function(html){
                $("#NeedCert").html(html);
                $("#NeedCert").fadeOut(4500);
                $("#NeedCert").fadeIn(500);
            }  
        });  
    }  
    $(document).ready(function(){  
        show_NeedCert();  
        setInterval('show_NeedCert()',5000);  
    });  
</script>

где строками

$("#NeedCert").fadeOut(4500);
                $("#NeedCert").fadeIn(500);

я создаю эффект пульсации. для понимания: в блок id="NeedCert" вставляется код из NeedCert.php типа

<a href="NeedCertAction.php" data-toggle="tooltip" data-placement="bottom" title="Имеются данные в обработку (<?=mysql_num_rows($result)?> позиций)!"><h3><i class="fa fa-exclamation-triangle fa-5x" style="color:red;"></i></h3></a>

Все работает как надо, но в консоли увидел, что у меня строки

$("#NeedCert").fadeOut(4500);
                $("#NeedCert").fadeIn(500);

обрабатыва ют весь блок id="NeedCert", даже когда никаких данных выводить не надо.
А как бы сделать так, чтобы "пульсировало" только внутреннее содержимое блока id="NeedCert"?

так сделайте проверку нет данных анимацию не запускать if(html != "") {...}
наверно как-то так $("#NeedCert a").fadeOut(4500);
ещё-бы как-то 16 строку убрать никогда такого не делать, но видимо микроскоп главное орудие по забиванию гвоздей и тут ничего не поделать ...