Что лучше выбрать defer или $(document).ready
 

Оба метода гарантируют что скрипт загрузится только после того когда загрузится весь html документ. Какая между ними разница кроме той, что $(document).ready пишется в js файле, а defer в атрибуде?

Она принципиальна...
Действие атрибута распространяется на тег в котором он установлен.

А

$(document).ready();

Просто устанавливает обработчик на событие. Причем когда он выполнится будет определять как раз атрибут его тега... :D

Примитивный пример: Есть скрипт с алертом, подключенный вот так <script src="js.js" defer></script> с defer. При обновлении сперва появляется алерт и только потом контент страницы. Почему так ведь defer подразумевает сперва загружать содержимое страницы и только потом скрипт?

С какого перепуга? :blink:
Как написано в букваре
http://htmlbook.ru/html/script/defer

А грузит он все подряд и чем быстрее - тем лучше!

Значит что страница уже загрузилась. А вот отрисовка блокируется?

Да где ты всего этого нахватался? :D

Не стоит приписывать атрибуту какие-то магические действа. Он отвечает за то, что указано в букваре. И не более того...

Я хотел сказать, что между тем, как загрузился HTML и страница отрисовалась браузер проходит целый путь.:write:

Aqua77,
почитать это и успокоиться. )