<style>
#overlay {
 position: absolute;
 top: 0;
 left: 0;
 width: 100%;
 height: 100%;
 background: #000;
 -moz-opacity: 0;
 -webkit-opacity: 0;
 -o-opacity: 0;
 opacity: 0;
 filter: alpha(opacity=0);
}
#button {
 width: 100px;
 position: absolute;
 left: 50%;
 top: 50%;
 margin: -50px;
}
</style>
<script>
function deactivate_all() {
 div= document.createElement("div");
 div.id="overlay";
 button= document.createElement("Button");
 button.innerHTML= "Проверить";
 button.onclick= function() {alert("А я работаю!")};
 button.id= "button";
 document.body.appendChild(div);
 document.body.appendChild(button);
 
};
</script>
<a href="http://google.com">Google</a><br />
<a href="http://yandex.ru">Yandex</a><br />
<a href="http://yahoo.com">Yahoo</a><br />
<br /><button onclick="alert('В следующий раз спрашивайте у вышеперечисленных')">Посмотреть совет</button>
<br /><br /><button onclick="deactivate_all()">Сделать всё неактивным</button>

var _div = путь к моему окну,в самом начале кода
function ...() {
//тут идет массивный код
}
 function deactivate_all() {
 div= document.createElement("div");
 div.id="overlay"
 document.body.appendChild(div);
 document.body.appendChild(_div); //вставляю свой див,так же как вы вставили кнопку
 }

document.body.div.appendChild(_div);