dmitriymar,
тут нормально всё с кавычками, одни PHP съедает, вторые HTML-ю достаются.

Это работает нормально, т.к. пхп возвращает в хтмл результат своей работы. Т.е. сначала работает пхп

<?=pk("js.js")?>

А заем в хтмл передаётся результат

<script type="text/javascript" src="./результат"></script>

меня смущает точка пред объявлением рнр. да и кавычки смущают-непревычная запись ...
эт наверно потому, что с первого взгляда не ясно что там...

Там все нормально, точка выводится в браузер как обычный контент, далее он открывает PHP тег и в нем делает нужные манипуляции...
d-kaktus,
а на сервере в error_log ниче не попадает?
меня смушает использование относительных путей в include и readfile это не всегда хорошо работает. Если все это лежит в той же папке просто напишите: readfile('test.js'); без каких либо точек. Либо используйте абсолютные пути.

Использование абсолютных путей тоже не помогает решить задачу.
Error_log никаких ошибок не выдаёт

а что ты видишь когда переходишь обычным образом в браузере по своей супер/пупер сгенереной ссылки?

Во-первых, таким образом должны шифроваться фотографии и т.п., а за одно и яваскрипт. Во-вторых, при подключении яваскрипта передаются функции только те, которые будут использоваться на странице. Остальные догружаются средствами аякс. Ссылки не шифруются таким образом.
Когда я в браузерную адресную строку вставляю адрес "http://mysite/test.js" или "http://mysite/codename" в браузер выводится одно и то же:

alert("ок");

"супер/пупер сгенереной ссылки" - это о чём?

ну если при обычном открытии вы видете свой JavaScript то тогда смотрите в строну заголовков. Посмотрите что присылает сервер. Может что-то лишнее шлет от того и не срабатывает ничего. Это можно взглянуть в средствах для разработчика, firebug, dragonfly и т.д.

Дело в том, я уже писал, firebug выводит как нормальный работающий скрипт. В этом и дело, что любой браузер видит обычный javascript, но не исполняет его. Но в чём дело не ясно...